Ai fini della regolazione dei pagamenti, il GME determina, per ogni operatore, la posizione netta, debitrice o creditrice, nei confronti del GME stesso (netto a regolare), sulla base degli importi, comprensivi di IVA, afferenti alle fatture emesse e ricevute dal GME relativamente allo stesso periodo di fatturazione.
L’effettuazione degli ordini di pagamento avviene tramite “bonifici di importo rilevante” (BIR). L’istituto affidatario del servizio di tesoreria per gli anni 2009/2011 è la Banca Popolare di Sondrio, che gestisce le attività di ricevimento ed effettuazione dei pagamenti
Le coordinate bancarie del conto sul quale effettuare il pagamento degli importi dovuti in esito alle negoziazioni sul mercato elettrico ed alle registrazioni sulla PCE sono:

Qualora il GME, per cause ad esso imputabili, effettui i pagamenti oltre i termini previsti, agli operatori creditori sono riconosciuti interessi applicando un tasso pari alla media mensile del tasso Euribor 1 (uno) mese base 360 ridotto di 0,15% (quindici centesimi di punti percentuali).

Gli importi delle fatture emesse da GME e delle fatture ricevute da GME entro il 6° giorno lavorativo del mese, vengono compensate ai fini della determinazione del netto a regolare.